基于SLAF-Seq的燕麦种质资源遗传多样性分析和群体结构分析

摘要：为了解不同群体间的遗传多样性及群体变异关系，为燕麦（Avena sativa L.）种质创新提供遗传背景依据，本研究以不同地理来源的98份燕麦种质资源为材料，利用特异性位点扩增片段测序技术（Specific Length Amplified Fragment Sequencing,SLAF-Seq）在全基因组范围筛选单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）分子标记。结果表明：基于1470.85 Mb高质量测序数据，共检测到626 992个SLAF标签（平均测序深度10.81x），开发出516 005个多态性位点，筛选获得8 109 634个高质量群体SNP，整体杂合率达2.82%;SNP标记在27条染色体上非随机分布，其中，第4号和第5号染色体存在显著富集区；群体结构分析显示本研究中燕麦群体遗传多样性水平较高，群体间遗传分化程度较大，除S9（‘张莜15号’）与S8（‘白燕2号’）、S17（‘白燕20号’）、S23（‘固燕1号’）具有中高水平的近亲关系，S70（‘青海444’）与S83（201430-8-1）、S69（‘饲草10号’）、S82（201406-12）具有中高水平的近亲关系，其余各种质资源间的亲缘关系较远。

关键词：燕麦; SLAF-seq; SNP; 遗传多样性分析; 群体结构分析